Ahogy arra számítani is lehetett, a Ferrari nem kockáztatott, így Michael Schumacher autójában motort cserélt az időmérő előtt. Eközben a német versenyző csapattársa, Felipe Massa ismét új erőforrást kapott, a hétvégén másodszor. Azt követően, hogy a szezonnyitó Bahreini Nagydíjon Felipe Massa és David Coulthard V8-as motorja is megadta magát, a Ferrari attól tartott, hogy Schumacher erőforrásával is gondok lehetnek, így annak cseréje mellett döntött. Az olaszok elmondása szerint Massa és David motorja a dugattyúk elrepedése miatt ment tönkre, amely a V8-as egységek egyik gyengéje. A maranellóiak a csere után eldöntötték, hogy Massa csak a boxból vág majd neki a Malajziai Nagydíjnak. Motort cseréltek a hondás Rubens Barrichello autójában is. A vasárnapi rajtsorrend felettébb izgalmas időmérő edzésen alakult ki, ahol végül Fisichella mindenkit maga mögé utasított. Jenson Button ezúttal is bizonyította gyorsaságát, így a második helyről indulhat holnap, ami egy nagyon jó eredmény elérését helyezi kilátásba a Honda számára. A Williamsek már tegnap óta remekelnek, az időmérőn ezt még megfejelték azzal, hogy a Forma-1-es újonc, Nico Rosberg a harmadik, csapattársa, Mark Webber pedig - Schumacher hátrasorolása után - a negyedik helyen végzett. A mezőny legerősebb motorjával felszerelt Williams-csapat autóit a két McLaren követi. Montoya ezúttal gyorsabb volt Räikkönennél, akit nagy meglepetésre Fernando Alonso követ majd a rajtrácson a másik Renault-val. Ralf Schumacher az időmérő utolsó szakaszában motorhiba miatt már nem tett meg mért kört, így ő a 10., ám bátyja büntetése miatt a kilencedik helyről rajtolhatott volna. A motort azonban nála is cserélik, így ő is feliratkozott az egyre bővülő listára Michael Schumacher, David Coulthard, Rubens Barrichello és Felipe Massa mellé. A kvalifikáció második 15 perce után búcsúzó hatost David Coulthard vezeti fel, őt a hondás Barrichello követi, illetve követte volna. Jarno Trulli csak a 13. helyre tudta behozni a Toyotát, de így is megelőzte a két Sauber-BMW-t, Villeneuve-öt és Heidfeldet. A motorcserére kényszerült Felipe Massa ki sem hajtott a pályára a második etapban. A leglassabb hatosban három csapat autói követik egymást, az erőviszonyoknak megfelelően: a két Toro Rosso, a két Midland és a két Super Aguri. Elsőként tehát Speed, Liuzzi, Albers, Monteiro, Szato és Ide búcsúzott az időmérő edzéstől. Malajziai Nagydíj, az időmérő edzés végeredménye: 1. Fisichella - Renault (M) 1:33.840 - 22 kör 2. Button - Honda (M) 1:33.986 + 0.146 - 19 kör 3. Rosberg - Williams-Cosworth (B) 1:34.626 + 0.786 - 19 kör 4. M.Schumacher - Ferrari (B) 1:34.668 + 0.828 - 23 kör 5. Webber - Williams-Cosworth (B) 1:34.672 + 0.832 - 18 kör 6. Montoya - McLaren-Mercedes (M) 1:34.916 + 1.076 - 18 kör 7. Räikkönen - McLaren-Mercedes (M) 1:34.983 + 1.143 - 18 kör 8. Alonso - Renault (M) 1:35.747 + 1.907 - 22 kör 9. Klien - Red Bull-Ferrari (M) 1:38.715 + 4.875 - 16v 10. R.Schumacher - Toyota (B) 1:34.586 + 0.746 - 10 kör 11. Coulthard - Red Bull-Ferrari (M) 1:34.614 + 0.774 - 12 kör 12. Barrichello - Honda (M) 1:34.683 + 0.843 - 14 kör 13. Trulli - Toyota (B) 1:34.702 + 0.862 - 12 kör 14. Villeneuve - BMW-Sauber (M) 1:34.752 + 0.912 - 10 kör 15. Heidfeld - BMW-Sauber (M) 1:34.783 + 0.943 - 10 kör 16. Massa - Ferrari (B) 1:35.091 + 1.251 - 3 kör 17. Speed - Toro Rosso-Cosworth (M) 1:36.297 + 2.457 - 6 kör 18. Liuzzi - Toro Rosso-Cosworth (M) 1:36.581 + 2.741 - 7 kör 19. Albers - MF1-Toyota (B) 1:37.426 + 3.586 - 7 kör 20. Monteiro - MF1-Toyota (B) 1:37.819 + 3.979 - 6 kör 21. Szato - Super Aguri-Honda (B) 1:39.011 + 5.171 - 6 kör 22. Ide - Super Aguri-Honda (B) 1:40.720 + 6.880 - 6 kör Rajtsorrend: 1. Fisichella Renault 2. Button Honda 3. Rosberg Williams 4. Webber Williams 5. Montoya McLaren 6. Räikkönen McLaren 7. Alonso Renault 8. Klien Red Bull 9. Trulli Toyota 10. Villeneuve BMW 11. Heidfeld BMW 12. Speed Toro Rosso 13. M. Schumacher Ferrari - motorcsere miatt tíz hellyel hátrébb sorolva 14. Liuzzi Toro Rosso 15. Albers MF1 16. Monteiro MF1 17. Szato Super Aguri 18. Ide Super Aguri 19. Coulthard Red Bull - motorcsere miatt tíz hellyel hátrébb sorolva 20. Barrichello Honda - motorcsere miatt tíz hellyel hátrébb sorolva 21. Massa Ferrari - dupla motorcsere 22. R. Schumacher Toyota - motorcsere a rajt előtt